遺伝子のつづきです
遺伝子の説明、できるようになりそうですか？
いでんし？ギャンギャン
なんでかな～
今、世間をにぎわせている新型コロナウイルスの遺伝子をみてみましょうか。
2．新型コロナウイルスの遺伝子
新型コロナウイルスの遺伝子数はとても少ないです。
タンパクをコードする遺伝子を順にみてみましょう。
２．１遺伝子構造
新型コロナウイルスSARS-CoV-2の遺伝子構造は、＋鎖RNA上に一列に遺伝子が並んでいます。
①ORF1ab遺伝子
ORF1ab遺伝子がコードするタンパクは非構造タンパクでNSP1–10, 12–16の15種類のタンパクに分かれます。
NSP12, NRP8, NSP7からなるRNAポリメラーゼ（RdRp）によりゲノムRNAを複製することができます。
ORF:Open Reading Frame
NSP: Non-Structural Protein
②S遺伝子
S遺伝子がコードするスパイク(Spike)タンパクは表面の突起の部分で、これを介して細胞に感染します。
③ORF3a, ORF3b
ORF3a, ORF3b遺伝子がコードするタンパクは非構造タンパクです。
④E遺伝子
E遺伝子がコードするエンベロープ(Emvelope)タンパクは脂質2重膜を形成してウイルスを覆っています。
⑤M遺伝子
M遺伝子がコードするマトリクス(Matrix)タンパクもまたウイルスを覆っています。
⑥ORF6a遺伝子
ORF6a遺伝子がコードするタンパクも非構造タンパクです。
⑦ORF7a, ORF7b遺伝子
ORF7a, ORF7b遺伝子も非構造タンパクです。
⑧ORF8a, ORF8b遺伝子
ORF8a, ORF8b遺伝子も非構造タンパクです
⑨N遺伝子
N遺伝子がコードするヌクレオカプシド(Nucleocapsid)タンパクはウイルス内でRNAゲノムを覆っています。
⑩ORF9a, ORF9b遺伝子
ORF9a, ORF9b遺伝子がコードするタンパクも非構造タンパクです。
⑪ORF10遺伝子
ORF10遺伝子がコードするタンパクも非構造タンパクです。
以上、遺伝子の特徴をみていきました。
非構造タンパクがたくさんでてきましたが、これらはウイルスの増殖に必須であったり、その増殖の効率を亢進させる機能があると考えられているようです。
２．２PCRターゲット
診断に用いられるPCRでは、おおむね下記の4種類の遺伝子をターゲットにしてプライマープローブが設計されています。
・ORF1ab/RdRp遺伝子
主に中国、アメリカやスイスの会社の試薬で使われています。
・S遺伝子
主に中国やアメリカの会社の試薬で使われています。
・E遺伝子
主に中国やスイスの会社の試薬などで使われています。
・N遺伝子
主に中国、アメリカ、日本、スイスの会社の試薬などで使われています。
日本の試薬の主なターゲットはN遺伝子のようですね。
毎日検査数が発表されている新型コロナウイルスの検査ですが、PCRのターゲットのイメージ、できましたか？
REFERENCES
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Christian Jean Michel et al. Virol J. 2020 Aug 27;17(1):131.
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http://jsv.umin.jp/journal/v61-2pdf/virus61-2_205-210.pdf
田 口 文 広 ウイルス 第 61 巻 第 2 号，pp.205-210，2011
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