【23】新型コロナウイルスゲノムバリアント

基礎

こんにちは、よっぴです☺︎

こんにちは、よっぴです☺︎

遺伝子バリアントのテーマが終わりましたね。

今回はスポット的に今まだなかなか収まらない新型コロナウイルスの話題をとりあげます。

現在、日本の新型コロナウイルスの陽性者数は、2つめの大きな山の長い裾野にありますね。

2つ目の山は新型コロナウイルスが変異したとかしてないとかいわれているのを聞いたことがありませんか?

この記事で、日本の新型コロナウイルスがはたして変異しているのかしていないのかが分かるようになります。


うめちゃん分かる?

分かる!

はいうそ!


日本で流行した新型コロナウイルスの型

日本の新型コロナウイルスは大きく1つめの山を第一波、2つめの山を第2波とよくいわれてますが、実はそうではないようです。

まず、日本に最初に入ってきたのは2月、武漢型のウイルスでそれは見えないぐらいの小さな山だったようです。

(ちなみに、ダイヤモンドプリンス号のウイルスは武漢型のウイルスのようで、外には漏れていないようです)

次に3月からは武漢型がヨーロッパ型にとってかわって大きな山となったようです。

武漢型の小さな山とヨーロッパ型の大きな山を合わせたものが一般的に日本の第一波と呼ばれているもののようです。

そして、6月下旬頃からの大きな山はヨーロッパ型から変化して東京型(?)となっているのようなのです。

そして、3月頃からの山と6月下旬頃から現在までの山は、やはり致死率が下がっているようです。
(詳しくは説明しませんが重症度別の致死率は確かに下がっているようです)


新型コロナウイルスゲノムバリアント

新型コロナウイルスのパンデミックが始まってから、少なくとも2回大きなゲノムの変化=変異があるようです。

これまでのテーマで変異をバリアントというように決めたので、「変化」や「バリアント」で話を進めるようにします。

ウイルスは感染して増殖すればするほど、ウイルスゲノムがコピーされる回数が増えるので、それに伴い、ミスコピーの回数も増えます。

このミスコピーによるウイルスゲノムの変化がバリアントです。

では、武漢型とヨーロッパ型と東京型(?)の違いを見ていきます。

まず、武漢型とヨーロッパ型の違いは、コロナウイルスの突起の部分(スパイク)をコードするタンパクの614 番目にあるようです。

このバリアントは614番目のアミノ酸であるアスパラギン酸(Asp/D)からグリシン(Gly/G)への置換のようです。

このバリアントの種類はなんでしたっけ?

ミスセンスバリアントですね。

このバリアントによりウイルスが細胞に侵入しやすくなりパンデミックが進んだ可能性があるようです。

そして、8月の国⽴感染研によると、あたらなゲノム変化がみつかったとのことです。

それが、6 ⽉下旬以降のクラスターでみつかったヨーロッパ型にさらに6塩基の変化を加えた東京型(?)となるようです。

残念ながらよっぴは、この6塩基の変化の詳細を確認できていないので、配列やアミノ酸レベルの考察はできないのですが、ウイルスゲノムは一般に1ヶ月で2塩基変化するといわれており、6塩基の変化は不思議ではないようです。

このように、2つめの山は1つめの山とはウイルスの型が違うため、この6塩基の変化が致死率を下げている要因の1つとなっているかもしれませんね。


REFERENCES

https://shard.toriaez.jp/q1541/940.pdf

コロナウイルス arXiv(18)2020 年 10 ⽉ 1 ⽇ ⿊⽊登志夫 

新型コロナウイルスSARS-CoV-2のゲノム分子疫学調査
SARS-CoV-2のゲノム上にランダムに発生する変異箇所の足跡をトレースすることにより、感染リンクの過去を遡り積極的疫学調査を支援している。中国発の第1波においては地域固有の感染クラスターが乱立して発生し、“中国、湖北省、武漢” をキーワードに蓋然性の高い感染者を特定し、濃厚接触者をいち早く探知して抑え込むことができ...

新型コロナウイルスSARS-CoV-2のゲノム分子疫学調査
国立感染症研究所

https://www.niid.go.jp/niid/images/research_info/genome-2020_SARS-CoV-MolecularEpidemiology_2.pdf

新型コロナウイルス SARS-CoV-2 のゲノム分⼦疫学調査 2

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